Depuis son apparition fin 2019 en Chine, l'épidémie associée à un nouveau type de coronavirus se propage dans le monde. Pour y faire face, les scientifiques collaborent en usant de moyens inédits. De la mise en culture des prélèvements jusqu'à la mise au point d'un éventuel vaccin, comment se déroulent ces recherches menées dans l'urgence.
Une collaboration renforcée pour une riposte ultra-rapide
« Je m'occupe d'épidémies depuis quarante ans, et je peux vous dire que jamais on est allé aussi vite. Entre la déclaration par les autorités chinoises le 31 décembre et l'isolement du virus, il a fallu à peine quatre semaines et demie. Les étapes "reconnaissance, diagnostic, séquençage, isolement" nous ont pris quatre ans et demi pour le virus du sida... Certes, le virus était extrêmement différent et la comparaison a des limites, mais toujours est-il que le processus s'est considérablement accéléré » explique le docteur Jean-François Chambon, de l'Institut Pasteur sur France Culture. D'abord, les équipes chinoises publient sur Virological.org l'intégralité du patrimoine génétique de ce virus inédit, constitué d'ARN et non d'ADN. Moins de deux semaines après le premier signal d'alarme, la communauté scientifique mondiale a accès à cette banque d'informations , qui permet de lancer les recherches. Avec les premiers cas malades français, l'Institut Pasteur dispose du virus et l'isole en quelques jours. « À l’aide des méthodes de détection, nous avions repéré une charge virale importante dans les échantillons prélevés chez les patients hospitalisés à Paris, ce qui nous a permis d’identifier ceux à mettre en culture en priorité », précise Sylvie Behillil, responsable adjointe du CNR à l’Institut Pasteur. Le fruit de ce travail collaboratif fait émerger très vite les premiers résultats. Les chercheurs découvrent ainsi que le matériel génétique de ce nouveau coronavirus ressemble à 80 % à celui du virus du SRAS (Syndrome Respiratoire Aigu Sévère). Les chercheurs de l'Institut Pasteur partagent ces résultats avec la communauté scientifique sur la plateforme du « Global initiative on sharing all influenza data » (GISAID). Ce partage immédiat en open-source des travaux de recherche publiés sur des sites spécialisés permet ainsi d'éviter les longs processus de publication dans une revue scientifique à comité de lecture. Si la prudence reste de mise, l'accès rapide à l'information est privilégié. Ainsi, Twitter est utilisé comme moyen de communication par les experts.
En route vers le vaccin
Le séquençage du patrimoine génétique permet d'élaborer efficacement et en urgence un test diagnostique spécifique. En France, ce test a été développé par le Centre national de référence des virus respiratoires (CNR) de l'Institut Pasteur. Pour réaliser un diagnostic, le prélèvement effectué sur le patient est généralement de type “nasopharyngé”, c'est-à-dire que les spécialistes récupèrent des cellules situées profondément dans le nez. Dans un laboratoire de sécurité niveau 2, la première étape est d'inactiver les virus éventuellement présents pour qu'il ne mettent pas en danger le technicien qui manipule. Un liquide réactionnel permet de révéler au bout de trois à cinq heures la présence ou non du virus. Si le patient est contaminé, le CNR contacte les autorités de santé. Concernant un potentiel vaccin, pour Frédéric Tanguy, professeur et directeur du Laboratoire d'innovation vaccinale de l'Institut Pasteur : « On en est au début, c'est-à-dire qu'on est en train de concevoir le candidat vaccin. À l'Institut Pasteur, nous utilisons une plate forme vaccinale qui est basée sur le vaccin contre la rougeole. Il faut d'abord construire le candidat vaccin contre le virus coronavirus et ensuite, on va le tester dans des modèles animaux. Et s'il est efficace, il va ensuite passer en fabrication industrielle. »
Frida Hussain
